La Universidad de Huesca, erigida por Privilegio de Pedro IV en 1354, fue sostenida económicamente, en sus primeros cien años de vida, por el Concejo de la Ciudad; en definitiva por los propios oscenses a través de los impuestos municipales. Como nos recuerda el Padre Huesca, con los años, esta fuente de financiación resultó insuficiente (incluso se produjo una interrupción académica sobre 1450) lo que obligó a la ciudad a pedir ayuda a la Iglesia a partir de 1473. De esta manera la Iglesia, por medio de sus Rentas Supresas [suprimidas] se sumó al mantenimiento de la Universidad.
Esto originó paralelamente la creación de la Asignatura o Junta de Asignados, presidida por el Obispo de Huesca, que debería administrar y fiscalizar las Rentas Supresas, proveer las cátedras, pagar los sueldos de los profesores y demás miembros de la Universidad, mantener los edificios… En los siglo XV y XVI la Asignatura tenía 4 miembros, ninguno de ellos universitarios; uno era el Asignado elegido por el Cabildo; otro, el Asignado elegido por la Ciudad (Padre Huesca). La importancia de este organismo fue de primera magnitud en el seno de la Universidad, y propició que el Obispado y el Cabildo oscenses ocuparan un lugar preponderante en el discurrir universitario, especialmente entre los siglos XVI y XVII.
La supresión y cesión a la Universidad de rentas eclesiales se dieron principalmente entre 1488 y 1504, y culminaron con las rentas obtenidas (gracias al empeño de Felipe II y el Papa Pío V) del desmembrado Monasterio y Abadiado de Montearagón en 1571. A finales del siglo XVI, las Rentas Supresas representaban unos ingresos suficientes y seguros para hacer frente a las necesidades hacendísticas, y favorecer el desarrollo del patrimonio universitario.
Las holgadas Rentas Supresas permitieron a la Asignatura gestionar, a comienzos del XVII, la erección de la iglesia de Poleñino (favor debido a la Iglesia ya que se beneficiaba de sus rentas) y a continuación, costear varias aulas para la Universidad, como nos cuenta Ricardo del Arco. Posteriormente las Supresas financiaron buena parte de las aulas de la Escuela de Gramática, y, en 1690, el levantamiento de la nueva fábrica de la Universidad, que culminó ya en el XVIII. A finales del siglo XVIII y hasta 1808 la Rentas Supresas (estudiadas en esta época –junto a las cuentas de la Tesorería y de la Cofradía- por José Antonio Gracia Guillén) proporcionaron a la Universidad prosperidad y gran estabilidad económica y fueron su sostén económico hasta la supresión del diezmo en 1837.
Además de la Asignatura, la hacienda universitaria estuvo también gestionada durante varios siglos por la Tesorería y la Cofradía, que administraban las rentas eventuales, obtenidas por los desembolsos de los estudiantes al examinarse de los grados académicos (bachiller, licenciado y doctor) y por las matrículas e incorporaciones.
Los Estatutos de la Sertoriana de 1721 introdujeron reformas muy positivas en la Junta de Asignados y rectificaron una situación anómala al permitir, por primera vez, junto a los representantes de la Iglesia y del Municipio, la entrada en la misma de tres catedráticos de la Universidad, nombrados por su Consejo, uno de ellos Doctor y Contador de Supresas. Se celebraba una Junta de Asignatura mensual, en la Sala Capitular de la Catedral, y en ella intervenían, además de los asignados y el Contador de las supresas, el Receptor y el Notario de la Universidad. Su misión primordial, además del nombramiento de regentes y provisión de cátedras, era procurar el arriendo de todas las rentas supresas, cuyas cuentas debía pasar anualmente en el mes de septiembre.
Esta representatividad tan necesaria de la Universidad en las tareas financieras se consolidó en el siglo XIX, aunque quedaría velada por la intromisión y el afán controlador del poder político en la hacienda universitaria.
En 1807, por orden real, la muy poderosa Asignatura o Junta de Asignados fue disuelta y sustituida por la Junta de Administración o Junta de Hacienda.
En los días 20 y 21 de marzo de 1807, el provisor y los vocales de la Asignatura (entre ellos Don Francisco Ara, canónigo, el Padre Fray Manuel Castro y el Padre Fray Antonio Burbano) entregaron a la nueva Junta y al Maestrescuela, Juez comisionado y Presidente de la misma, las llaves del archivo de la Universidad, sito en la Catedral, con todo su caudal, que ascendía a la muy jugosa suma de 496.945 reales de vellón. El buen hacer de la Asignatura consiguió a lo largo de los siglos cubrir las necesidades universitarias y dejar, en el momento de su remodelación, un buen colchón financiero previo a los penosos e inminentes avatares de la Guerra de la Independencia.
Componían la nueva Junta de Administración los cuatro catedráticos de Prima de todas las facultades mayores, dos catedráticos nombrados por el Claustro y relevados cada dos años, y el Maestrescuela como Presidente (con la ley Calomarde varió esta composición muy ligeramente). Pasaba a depender exclusivamente de la Universidad el control y gobierno de las Rentas Supresas (si bien el Maestrescuela era dignidad, a su vez, de la Catedral), quedando fuera de la gestión clérigos del Obispado y munícipes de la Ciudad. Comenzaba una nueva etapa para la hacienda de la Universidad, en la que, además, se intentaba dar una visión más globalizadora de las rentas que engrosaban la hacienda de la Universidad. Esta unificación de las rentas de la Universidad culminaría con el Plan de Estudios de 1824, que aunó, para su administración, las rentas de los diezmos, alquileres y censos y las eventuales (grados y matrículas), éstas últimas cada vez mejor consideradas.
Pero esta concesión hacia un mayor autogobierno de la Universidad fue, en realidad, aparente, ya que lo que en verdad pretendía la Superioridad era fortalecer la centralización y gobierno de la misma, incrementando el protagonismo del Maestrescuela (del Rector, a partir del Plan Calomarde de 1824). Esta intención centralizadora y de inspección queda fuera de toda duda si recordamos que el Gobierno obligaba a la nueva Junta de Hacienda a dar cuentas, anualmente, de su administración a la antigua Asignatura y al Supremo Consejo de Castilla, por medio del Ministro Director.
En cuanto al salario de la Junta no varió a lo largo del siglo XIX. Los asignados y el Presidente cobraron en su conjunto, al año, 70 duros; esta asignación aunque no fuera holgada se entregó siempre puntualmente y en su totalidad (con excepción del curso 1837-38, en que se pagó las tres cuartas partes) y representó un pequeño complemento al sueldo que percibían los miembros de este órgano administrativo como profesores de la Universidad.
En 1824 la Ley Calomarde determinó así la misión que correspondía a la Junta de Hacienda: “Habrá una Junta de Hacienda, encargada exclusivamente de administrar, recaudar y distribuir la renta de las universidades; dando cuenta mensualmente de sus operaciones al Claustro general, y presentando dos veces al año, por todo el mes de enero, y por todo el mes de julio, las cuentas, que el Claustro aprobará si las hallare conformes, y dejará de aprobar si juzga que no lo están”.
En Huesca la Junta examinaba y censuraba las cuentas decimales y prediales las cuales, una vez entregadas por la receptoría al Claustro, éste las pasaba a dicha Junta de Hacienda; previamente el Claustro había hecho examinar estas cuentas por una comisión que emitía su veredicto y censura. De la Junta de Hacienda las cuentas volvían al Claustro, que elegía una nueva comisión para revisarlas en caso de que la Junta hubiese hecho alguna objeción.
A partir de 1824, estas minuciosas presentaciones y repasos de cuentas se efectuaron cada año, en cuanto a la totalidad de las operaciones anuales, y también mensual, trimestral o semestralmente de forma parcial para las rentas prediales (rentas de los arriendos de inmuebles y terrenos rurales o urbanos).
Las cuestiones a las que debió de llegar la Junta fueron múltiples, desde arriendos, cobros y pagos insignificantes a otros de gran envergadura. Su papel no fue fácil ni gratificante. Con frecuencia tuvo que escuchar las súplicas de los arrendatarios de propiedades de la Escuela que pedían rebajas en el pago de sus rentas, debido a las malas cosechas. La Junta actuaba de mediadora, pero debía despachar estos asuntos obedeciendo las decisiones del Claustro. En los años más críticos del siglo XIX intentó arreglárselas para solventar los pagos de la Sertoriana sin recurrir a la venta de casas ni fincas, pues, en general, ésta era la decisión del Claustro; sin embargo, en muchas ocasiones, la venta resultó inevitable (como ejemplo, en 1822, la venta de la casa que tenía la Universidad en el Coso y que perteneció a Don Tomás Ram, para pagar una parte de los salarios de los profesores). Fue habitual también, en el siglo XIX, que la Junta de Hacienda arrendara los frutos y rentas de numerosos pueblos en los que tenía propiedades: Ayerbe, Apiés, Poleñino, Torres de Montes, Biscarrués, Bierge, Arbaniés… En 1840, en algunas ocasiones, tuvo que echar mano del papel de créditos contra el Estado para saldar otros pagos.
El declive de la hacienda universitaria comenzó con el desastre de 1808, y se agudizó en los años 20 y 30 del siglo XIX. Decisiva incidencia tuvieron en ello la guerra carlista (1833-1839), las medidas desamortizadoras que despojaron a la Iglesia de muchos de sus bienes y, especialmente, la supresión del diezmo en 1837, tan vital para la Universidad oscense y base de las rentas supresas y de su economía.
La Guerra de la Independencia y subsiguientes avatares político-históricos, junto con el afán centralizador y uniformizador y el deseo de fiscalizar y manipular las rentas de la universidad por parte del Estado impidieron el desarrollo de una nueva etapa hacendística; la crisis financiera estaba servida. El Estado no propició ayuda ni dotación alguna a la Universidad (como hiciera con otras) cuando ésta tuvo dificultades para autofinanciarse; la abandonó y, a pesar de su todavía considerable volumen de alumnos, y de su prestigiosa trayectoria académica, optó por las universidades más grandes, sitas en ciudades populosas. En 1845 el Plan Pidal clausuraba Universidad de Huesca, que pasó a convertirse en Instituto de Enseñanza Secundaria.