Del linaje de los Ximeno de Lobera de Calamocha (Teruel), hijo de don Juan Ximeno y de doña Ana Martínez, nació don Jaime en la localidad turolense de Ojos Negros. Estudió en la Universidad Sertoriana de Huesca, siguiendo la carrera de Jurisprudencia, tomando la borla de Doctor en ambos derechos, mostró sus dotes de magisterio y erudición en las aulas de esta Universidad llegando a ser Rector en 1566 y 1567. Tras ser ordenado sacerdote, comenzó su carrera eclesiástica ejerciendo de arcediano de la cámara en la Catedral de Huesca. Más tarde desempeñó el mismo cargo en Jaca. A la vez que ejercía en ambas ciudades fue Comisario del Santo Oficio, apreciándose su rectitud, sabiduría y bondad, por lo cual en 1578 Felipe II lo designó Canciller de Competencias, un cargo que debía dirimir las cuestiones jurisdiccionales surgidas entre tribunales civiles y eclesiásticos, destacando en todas sus actuaciones. El rey, el 24 de noviembre de 1579, le encomendaba el obispado de Teruel, una diócesis que había sido creada dos años antes y necesitaba una minuciosa labor de organización. El Papa promulgó la bula de nombramiento el 10 de abril de 1580 y su consagración tuvo lugar en la Seo de Zaragoza el 12 de junio de ese año.
Por su celo, elocuencia, caridad y justicia, en abril de 1590 Felipe II lo designaba Virrey de Aragón, un cargo que permanecía vacante desde el cese del conde de Sástago el año anterior y que don Jaime Ximeno no ocupó de modo inmediato, pues su juramento se produjo el 15 de noviembre, siete meses después de su elección. Cargo que venía acarreando un viejo problema convertido en pleito desde el año 1482, en que Fernando el Católico nombrara al catalán conde de Prades y de Cardona como virrey, lo que provocó un contrafuero, puesto que los Fueros de Aragón estipulaban que los oficiales reales debían ser naturales del reino aragonés. Más tarde, el entonces príncipe Felipe, reinando Carlos I, nombró un virrey extranjero: Diego Hurtado de Mendoza, lo que se volvió a denunciar como desafuero. En 1587 el rey confirmaba al conde de Sástago en el cargo a la vez que disponía: “Que por justicia se declare no molestarme por los Fueros, y leyes de este reyno (Aragon) restringida la facultad que como rey, y señor dél me pertenece de poner por mi lugarteniente general la persona que me pareciere más a propósito”.
En 1588 Felipe II volvió a nombrar un virrey castellano, el marqués de Almenara en sustitución del conde de Sástago, provocando con ello las protestas y críticas de los diputados de la Generalidad invocando los Fueros Aragoneses. Esto daría como resultado que Almenara fuera atacado y su casa incendiada, volviéndose a Castilla y tras informar al rey, Felipe II decidió nombrar a Jaime Ximeno de Lobera, a la vez que interponía una demanda en los tribunales aragoneses para que se dictaminara de una vez por todas si el Virrey era o no un funcionario real.
La demanda real, junto con el problema del condado de Ribagorza y el intento de enjuiciar a Antonio Pérez, derivó en unas alteraciones en Aragón el año 1591 en las que el representante real en el pleito, precisamente, el marqués de Almenara fuera asesinado. Por otra parte, el 24 de mayo de 1591, habiendo sido sacado Antonio Pérez a la fuerza de la Cárcel de los Manifestados y llevado de acuerdo con los deseos del rey a las mazmorras de la Aljafería, sede de la Inquisición, realizado todo esto en flagrante quebranto de los Fueros y Libertades aragonesas, provocaba que estallara un motin que ponía en aprieto a las autoridades del reino y conseguía que los inquisidores devolviesen a Antonio Pérez a la custodia de la cárcel de los Manifestados. En el transcurso de los alborotos quedaba gravemente herido el marqués de Almenara, que moriría pocos días después y desencadenaría las represalias reales.
Alonso de Vargas, capitán general del ejército real, recibía la Orden de ponerse en marcha hacia el reino aragonés y el 15 de octubre, desde San Lorenzo el Real, Felipe II enviaba una carta a las ciudades del reino de Aragón comunicando la misión del ejército obligado por los acontecimientos. Ante el cariz que tomaba la difícil situación, el nuevo Virrey, Jaime Ximeno de Lobera, se dirigió al monarca a finales de octubre encareciéndole la retirada del ejército y pidiendo que dictara una inminente Convocatoria de Cortes en Calatayud, pero mientras don Jaime Ximeno hacía estas gestiones, los diputados firmaban una declaración, en la cual exponían al Rey que, “de acuerdo con el “Fuero 2º De Generalibus Privilegii Aragonums Regni“ de 1461, la entrada del ejército de D. Alonso de Vargas era contraria a Fuero, debiéndose arbitrar los medios adecuados para la defensa del reino”. Al día siguiente, era formulada la “Declaración de contrafuero” por el Justicia de Aragón don Juan de Lanuza, quien ordenaba a los diputados que convocasen al reino para la defensa del ejército real, a la vez que ordenaba se procediese a sacar fondos de las Generalidades con objeto de hacer frente a los aprestos militares.
Pero la pretensión del monarca estaba ya tomada: “Mi ejército no entra a ejercer jurisdicción, sino que, yendo a su jornada de Francia, hará alto a dar fuerzas, y calor a la Justicia, para que se pueda ejercitar por manos de los Ministros de la naturaleza de este reino, a cuyos oficios compete; esto importa al bien de todos, y que los principales delincuentes, que se sabe son los menos, no sean para envolver en sus culpas a tantos como los hay bien intencionados”.
El día 14 de noviembre el ejército real llegaba a Zaragoza, con su entrada se ponía fin a las alteraciones del reino. Eran detenidos el conde de Aranda, el duque de Villahermosa y el Justicia de Aragón Juan de Lanuza, siendo ejecutado este último el dia 20 de noviembre por oponerse al poder absolutista del monarca, iniciándose una dura represión que llevaría al nuevo nombramiento de Virrey en don Miguel Martínez de Luna, conde de Morata, quedando de esta forma en manos del rey la elección de cargos para Aragón, al margen de sus Fueros.
Auténtica lástima produce que en los papeles oficiales que han quedado inéditos referentes a estos acontecimientos de Aragón, además de que los detalles históricos, no se dedicaran más que a recordar el sacrificio del Justicia ante el absolutismo, pero cierto es que este Sertoriano, Obispo y Virrey, que a decir del cronista Balaguer estuvo hasta el último momento acompañando a Lanuza, lo que provocó su cese, vivió D. Jaime Ximeno en unas circunstancias irrepetibles para la historia civil y eclesiástica, jugó un papel importante en las labores diocesanas. Murió el día 12 de diciembre de 1594 en Teruel, recordándose con su sencillo epitafio: “Sirvió con celo a la Iglesia y al Estado”.