Desde 1580 la escolástica española se mueve en una relación ambigua de amor-odio, en las que al mismo tiempo que se crítica lo judío y lo rabínico, pero sin menospreciar del todo las tradiciones judías.
En este clima de ambivalencia sobre el valor de la cábala, es donde tenemos que situar a una figura como Fray Pedro Malón de Echaide. Este fraile agustino, navarro, discípulo y amigo de Fray Luis de León y perteneciente al mismo grupo que Arias Montano, Grajal, Cantalapiedra y Gudiel, el cual ocupó la cátedra de teología de Huesca de 1556 y 1561 que luego ocuparía curiosamente Malón de Echaide.
Gudiel acabaría finalmente siendo encarcelado por atribuirle de manera errónea la tesis De Incarnationi Verbi, que en realidad había sido escrita por Malón de Echaide y que llevó al fraile navarro de Castilla a Aragón, concretamente a Huesca —probablemente ciudad que conocía con anterioridad, ya que muchos navarros al ser la Universidad de Huesca la más cercana en esa época en la que todavía no funcionaba la de Zaragoza estudiaban en ella— en un proceso mezcla de procedimiento disciplinario y de protección, ante lo que estaba aconteciendo en Castilla con muchos de los seguidores de este grupo, que eran simplemente acusados de herejía por traer a primer plano la tradición hebreo- bíblica a la que consideraban superior a la greco-pagana, lo que aumentaba las rivalidades entre escolásticos y humanistas, en un enfrentamiento intelectual que acabo siendo un procedimiento penal del que Malón de Echaide como hemos visto pudo escapar.
Fruto de este ambiente intelectual es la obra Jerarquía celestial y terrena y símbolo de los nueve estados de la Iglesia militante con los nueve coros de ángeles de la Triunfante que en su portada traía como autor al agustino Jerónimo de Saona, pero que como ha demostrado Javier Clemente Hernández en realidad fue escrita por Fray Pedro Malón de Echaide. Esta obra de Malón bebe únicamente de una fuente para todas las citas de autoridad que realiza cuando menciona a diferentes rabinos, y esa fuente sería el libro de Pietro Galatino, Arcaniscatholicaeveritatis, una obra de controversia judeo- cristiana escrita en latín.
Dicha obra podemos afirmar sin género de duda que fue escrita por Malón de Echaide en Huesca, cuestión que ya se sospechaba tanto por ser la época de mayor madurez intelectual, conocimiento y prestigio tras ocupar la cátedra de Escrituras dentro de la Facultad de Teología de la Universidad de Huesca (donde se graduó licenciado y doctor en teología previamente) como por lo tardío de la publicación (1588) y sería redactada en el último periodo que estuvo en Huesca que transcurrió entre 1578-1583.
El motivo de la afirmación de que dicha obra fue escrita en Huesca, además de todo lo anteriormente expuesto, es que en la Universidad oscense existía una edición de 1550 de la obra de Galatino, Arcanis catholicae veritatis y recordemos que todas las alusiones a la cultura judía que aparecen en la Jerarquía Celestial han sido copiadas del Arcanis catholicae veritatis como señaló Kanievsky en su Elementos de la cultura judía en la obra de Malón de Echaide.
Dichas alusiones se tratan de un calco, palabra por palabra, de todos los argumentos expuestos por Pietro Galatino, como recuerda Kanievsky. Al mismo tiempo el libro es claramente anterior a otra obra del autor titulada La Conversión de la Madalena y que fue acabada de escribir en Barcelona, ya que el mismo Malón afirma en esta obra que ya tenía otros tres libros compuestos con anterioridad: Tratado de San Juan y de San Pedro, El Tratado del Sacramento del cuerpo y sangre de Cristo y El Libro de Todos los Santos que acabaría publicado bajo el nombre de Jerarquía Celestial por el agostino Jerónimo de Saona, el cual usurpó la identidad de Malón. Si a esto añadimos que en ninguna biblioteca de Zaragoza se halla el libro de Galatino, sólo queda Huesca como lugar posible de redacción.
Por último, señalar que numerosos personajes vinculados con la alquimia y la cábala estuvieron implicados en el diseño y obra del Santuario de Loreto de Huesca. Quizás esta obra debería ser analizada desde esta nueva óptica, ya que el trazado y la construcción del Santuario de Loreto de Huesca en 1592 fueron desarrollados por diferentes personajes relacionados con la cábala como Malón de Echaide —comisionado por Felipe II para llevar a cabo la dirección del proyecto y la erección de un convento y una nueva iglesia en dicho enclave — o bien con la alquimia como fue el mismo Felipe II, que encargo la realización de la obra personalmente en ese preciso enclave relacionado con el Santo Grial como indicaba Bizen d'o Río Martínez en su Aragón y el Santo Grial, ya que la leyenda atribuye la estancia en este emplazamiento de este objeto de poder en el que por cierto hubo una encomienda templaria en el siglo XIII, como recuerda Durán Gudiol en su Los moriscos de Puibolea y el Santuario de Loreto.
Dicho Santuario de Loreto además fue diseñado por los arquitectos y también amantes de la alquimia Juan de Herrera y su discípulo Francisco de Mora, los cuales discutían con el mismo Felipe II las trazas de los planos que llevaban a cabo. El mismo Felipe II otorgó la dirección de obra al maestro de obras toledano Jerónimo Segura Bocanegra, judío-converso, posiblemente pariente de Pedro de Portocarrero de Bocanegra, uno de los personajes más poderosos durante el reinado de Felipe II, amigo íntimo y protector de Fray Luis de León que a su vez fue profesor de Pedro Malón de Echaide, precisamente tal y como dio a conocer Alberto Acedera en su Fray Luis de León y Pedro de Portocarrero.