Nacido el 19 de agosto de 1495 en Sevilla, hijo ilegitimo de don Cristobal Díaz, racionero de la catedral de Huelva y madre soltera procedente de Luco de Alava, siendo a la edad de 12 años cuando se le confirió un beneficio en la iglesia de San Juan del Puerto en Huelva, donde fue beneficiado tres años, pues en 1510, contando quince años entró a estudiar en la Universidad de Salamanca. Allí, además de dedicarse al estudio de la lengua y antigüedad griega y latina, y también la lengua hebrea, siguió cursos de cánones y leyes. Era en 1520 todavía estudiante cuando publica su primer libro, “Tabula seu Repertorium totius operis acttisimi cesari iuris Soctoris de Segura”, y ya no cesaría en su larga lista de publicaciones. Estuvo los primeros años de su trayectoria profesional al servicio de obispos, fue nombrado en 1522 vicario y provisor del de Salamanca por D. Francisco Bobadilla.
Posteriormente lo encontramos en Huesca donde atraído por la antigua Sertoriana, en el mes de mayo de 1525 obtuvo el grado de doctor en cánones con la “aprobación y asenso de todos los doctores”, según él mismo recordaba con afecto de la insigne y antigua Universidad en su obra “Selectarum regularum”. Tras su doctorado entró al servicio del arzobispo de Santiago D. Juan Tavera, con 30 años de edad, al que seguiría cuando fue nombrado arzobispo de Toledo en 1534 y del que llegó a ser vicario y provisor. En 1527 redactó la “Practica criminalis canónica” un manual jurídico sobre las penas de los delitos perpetrados por clérigos, que será una de sus obras mas difundida, pues conoció más de veinte ediciones en un siglo. En enero de 1531, se le expidió título de nombramiento de oidor del Consejo de Indias. Había sido ordenado sacerdote y en 1535 compuso cuatro misas que fueron recogidas sin especificar autor en el “Missale Toletanum” impreso en Alcalá en 1539.
Desde época temprana tuvo gran predilección por las obras jurídicas, y a ellas dedicó tiempo a escribir durante el curso de su vida y reconocía como así dejó escrito, que era “un genio ocupado en estudiar y escribir en derecho y despachar negocios públicos”, pues así se describe en su obra “Aviso de Curas muy provechoso para los que exercitan el officio de Curar animas”, publicado en Alcalá de Henares en 1543. Influido desde los tiempos de universidad por el ambiente erasmista de renovación, se preocupó desde sus primeros escritos por la salvación de las almas, un logro que condicionaba a la conducta del clero y desde 1530 a 1553 alumbrará con su docta pluma catorces grandes obras, en las que se queja de la degradación de la Iglesia y exhorta a los obispos a predicar la doctrina sana, vivir ejemplar y caritativamente, residir en la diócesis y administrar correctamente, propiciar la reforma del clero y velar siempre por el bien de las almas de sus diocesanos, principios que en 1542 serían plasmados en el diálogo “Colloquium elegans”, que si bien estaba escrito en un retórico latín, en su texto, D. Juan Bernardo fustigaba los defectos del episcopado de su época, como por ejemplo, la codicia o la vida regalada y palaciega, satirizaba a los curas sin vocación y presentaba las duras exigencias de la caridad y de la actividad pastoral.
Asesor de la Comisaría General de Cruzada, del Consejo Real y Supremo de las Indias, fue el Doctor Díaz de Luco “Conciliarista”, llegando a Trento el 26 de mayo de 1546 y permaneciendo en la ciudad alpina seis años, pues no volvió a su sede episcopal de Calahorra hasta febrero de 1553. Asistió a diez sesiones solemnes y a unas cuarenta y cinco congregaciones generales, en las cuales participó activamente y aportó sus votos sobre las materias sometidas a debate (el pecado original, la lectura de la Biblia, la justificación, los sacramentos, la Inmaculada Concepción, las exenciones de los cabildos y la reforma eclesiástica).
Formó así mismo parte de algunas comisiones para asuntos específicos, destacándose en todo momento por su defensa de dos puntos: que los obispos en particular y en general los oficios con carga pastoral estaban obligados a residir en sus diócesis por mandato de derecho divino, y que el concilio representaba a la Iglesia universal. Digno es también destacar que en Trento siempre defendió los puntos de vista de Carlos V frente a los intereses de la curia romana o de otras instancias, muy en especial cuando el papa Paulo III, en 1547, ordenó el traslado del concilio a Bolonia y, en 1548, suspendió las sesiones.
Siguiendo, pues, las instrucciones del Emperador, D. Juan Bernal permaneció en Trento junto con otros trece obispos españoles, resistiendo a las intimidaciones que le llegaban de Roma, hasta que en 1551 el papa Julio III ordenó reemprender el concilio. Durante aquella larga estancia en Trento, entre las dos etapas del concilio, redactó las “Historiae sanctorum episcoporum”, plasmando en mil folios manuscritos las historias de obispos que habían alcanzado la santidad.
A la vuelta de Trento publicó el “Misal Diocesano” (1554) realizó visitas a su diócesis, se cuidó del Colegio de Niños de Logroño y encomendó misiones populares a los jesuitas en La Rioja y en el País Vasco, llevó a cabo los sínodos diocesanos de Vitoria y Logroño , culminando ambos con la publicación de las “Constituciones Sinodales”.
Su espíritu y celo espiritual estuvo siempre encaminado a mover a los fieles y ponerlos en camino de salvación, y en esa línea de preocupaciones espirituales ha de situarse la actividad de Diaz de Luco desde el Consejo de Indias, trabajando para promover que las órdenes religiosas enviaran misioneros al Nuevo Mundo. Como obispo, encarnó el ideal de prelado que los tridentinos y la Contrarreforma irían a proponer como modelo
Ultimamente varios historiadores lo han vinculado al anónimo autor del “Lazarillo de Tormes” y con ese ambiente de renovación y reforma del clero que era entonces necesario y promulgado por el doctor Diaz de Luco, siendo algunos trabajos como los de Colahan, Clak y Borja Morales, que, estudiada la obra y analizadas circunstancias y detalles, no dudan en apuntar la posibilidad de la autoría de este obispo, situándolo en ese gran interrogante, junto a Fray Juan de Ortega, Alfonso de Valdés y Hurtado de Mendoza.
Mantuvo amistad y estrecha correspondencia con San Ignacio de Loyola y fomentó la fundación de los jesuitas en Oñate. Destacó toda su vida por la austeridad, la dedicación al estudio, la categoría jurídica y doctrinal de todas sus obras, defendiendo como consejero y jurista posiciones avanzadas. Falleció en Logroño el 6 de septiembre de 1556.